Cette même année, il fait un nouveau voyage en Israël (M/S Herzl). Il représente l'Alliance au Congrès des Sciences hébraïques où il fait une communication sur les Juifs d'Afrique du Nord dont l'intégration pose des problèmes de plus en plus aigus à l'état. Il soulève ces problèmes auprès des instances responsables du Gouvernement et de l'Agence juive. Représentant de l'AIU lors de la pose de la première pierre du lycée à Ramat-Aviv, en fin juillet 1957.
Travaille à Doshen près de Beith Shean, avec Annette Lévy, sa future femme, à la récolte du coton. Dès cette époque, travaille à la préparation du livre d'histoire qui célébrera le centenaire de l'Alliance Israélite Universelle.

La gentilhommière où il vit alors à Coupvray, près de Paris, devient le lieu de rencontres intellectuelles entre juifs, chrétiens, musulmans. Il écrit son recueil de poèmes, Cantique pour Nathanaël, rédige un long rapport : Le Baron de Hirsch et la Jewish Colonisation Society (le seul de ses livres qui n'ait pas encore été publié). Enfin il travaille à la rédaction de son livre sur Théodore Herzl.

Il participe au nom de l'Alliance à des rencontres internationales, collabore avec Edmond Fleg et Jules Isaac à la préparation de rencontres judéo-chrétiennes. Donne des conférences en Belgique, Suisse et Italie et fait de nouveaux séjours en Afrique du Nord qui continue à se vider de ses Juifs. Ecrit des articles dans le Monde et la presse mondiale, participe régulièrement en France et ailleurs à des émissions de radio et de télévision et à des congrès.

24 octobre : Création au Théâtre des Champs Elysées, en un concert diffusé sur les ondes nationales, de l'oratorio Le lys de Saron, composé par Jean Martinon, sur un livret inspiré de la traduction du Cantique des cantiques d'A. Chouraqui.

Mort de son père, Isaac Chouraqui.

Il épouse alors Annette Lévy, fille du Docteur et de Madame Gaston Lévy, dont il aura 5 enfants : Emmanuel (1959), Elisabeth (1960), Yaël (1961), David (1965) et Mikhal (1968).
Ils s'installent à Jérusalem, Rehov Hovevei Sion, puis rue Ain Roguel (Mars 1964) où ils ont bâti leur demeure, sur ce qui était alors la frontière jordanienne.

André et Annette Chouraqui avec leur fils Emmanuel chez le Président et Madame Ben Zvi à Ashkelon - 25 juillet 1959

Au cours d'une mission au Maroc, il a de nouveaux contacts avec Si Bekkaï, qui est Président du Conseil, Ben Barka, Bou Abid, Aherdane. Il donne plusieurs conférences publiques et, en privé, s'occupe aussi des graves problèmes que pose la poursuite de l'émigration juive.

Octobre : A la suite des événements de Wadi Salib, Ben Gourion a plusieurs entretiens avec André Chouraqui. Il lui propose de devenir son Conseiller, puis membre du Parlement. Refus. A la veille de Kippour, ces conversations aboutissent à Sdé Boker, à sa nomination en tant que conseiller du Chef du Gouvernement pour la fusion des Communautés, avec le salaire symbolique d'une livre par an. A la Présidence du Conseil il fait adopter un programme de gouvernement qui modifie les tendances dominantes, notamment en matière d'intégration des immigrants et d'éducation. Il obtient de sérieuses réformes au Ministère de l'Education nationale, ainsi que le doublement du budget de l'Education. Est élu au Comité central du Parti travailliste, membre de plusieurs Comités du Gouvernement et de l'Agence juive, délégué et membre du tribunal arbitral de l'Organisation sioniste mondiale. Il soulève les problèmes dont il a la responsabilité en des dizaines de réunions privées et publiques, en une action incessante sur les différents ministres intéressés. Il résout un grand nombre de cas d'espèce, imprimant une direction nouvelle dans la pratique administrative et l'opinion du pays, malgré de très lourdes résistances qu'il n'arrive pas toujours à briser.

Concrès de l'AIU à l'UNESCO. De g. à dr. : Jules Brunschwig, A. Chouraqui, Edmond Fleg, et le Grand Rabbin Jacob Kaplan

4 novembre : Fait un nouveau séjour au Maroc et a des contacts avec le gouvernement marocain sur l'immigration des Juifs. Etablit les premiers contacts entre le Maroc et Israël, qui se développeront par la suite.

Entre-temps, il publie son volume de poèmes, Cantique pour Nathanaël chez José Corti et une biographie de Théodore Herzl au Seuil, qui sera aussitôt traduite en hébreu et en anglais.

Du 6 janvier au 12 mars : Dernière tournée de conférences en Algérie, où sa mère vit encore, à Oran, Alger, Constantine, Blida, Bone, Sidi Bel Abbès, Tlemcen, etc. Donne 18 conférences publiques et, au cours de réunions privées, avertit ses amis des dangers dont la situation est visiblement grosse. Ces conférences seront évoquées dans les milieux gouvernementaux tandis que l'exode des Juifs s'accélère.

Juillet : Naissance de Yaël.

5 octobre au 21 novembre : En compagnie d'Annette, nouvelle mission aux Etats-Unis, à Chicago, Indiannapolis, Lansing, Madison, Minneapolis, Champaing (Illinois), South Bend (Indiana), Détroit, Dallas, Washington, New-York, San Francisco, Los Angeles (UCLA) , Berkeley, San Antonio, Austin, etc. Sa tournée américaine se termine à Toronto et à Montréal où l'accueillent les amis de l'Alliance. En six semaines, il a prononcé en anglais, dans 16 villes et 19 universités, 60 conférences et donné 30 interviews à la presse, à la radio et à la télévision. L'Université de Los Angeles lui offre une chaire qu'il refuse. Il parle là de The impact of Christianity and Islam on Israel à la Graduate School of Religions.

Voyages et contacts en Iran, puis aux Etats-Unis où il est invité à prononcer une conférence à New-York. L'assassinat du Président Kennedy en provoquera l'ajournement à une date ultérieure.

Conférences en France, Belgique, Suisse et en Algérie peu de temps après l'indépendance.

19 octobre : Participe à Paris, à un colloque Hommes de religions, facteurs de paix.

6 Novembre : Au Congrès universel des Croyants, fait une communication sur Israël et l'unité de l'Eglise.
Nouvelles conférences, en Grèce, Suisse (Genève, Lausanne, Neuchâtel, Fribourg).

18 novembre au 10 décembre : Au Centre d'Etudes Oecuméniques de Genève (Bossey), fait une série de cours sur le judaïsme et Israël.

Avec René Cassin

Juillet : Shimon Pérès lui demande, au nom de Ben Gourion, d'être le numéro deux de la liste Rafi pour les élections parlementaires. Nouveau refus à la carrière parlementaire qui lui est ainsi proposée pour la troisième fois.

Août : Naissance de David.

Dès 1960, est en rapport étroit avec Jules Isaac lorsque celui-ci prépare et organise sa mission au Vatican. Le document que Jules Isaac remet au Pape Jean XXIII servira de point de départ à la longue et difficile action qui finira par aboutir, en septembre 1965, au Document de Vatican II sur les religions non chrétiennes, Nostra Aetate.

Septembre : Accepte d'être le second sur la liste de Teddy Kollek pour les élections à la mairie de Jérusalem.

8 Octobre : Il voyage en Angleterre, à Londres et à Brighton pour des conférences, puis se hâte d'aller faire campagne à Jérusalem. Teddy Kollek obtient un succès qui lui assure la fonction de maire, et à André Chouraqui celle de vice-maire de Jérusalem (1965-1973).

Du 17 au 21 décembre :  après son élection, revient en France, en Angleterre, puis retourne à Jérusalem où il prend ses nouvelles fonctions à la mairie.
A la municipalité, il est spécialement chargé de la culture et des relations interconfessionnelles. Dans ce domaine, à une époque particulièrement difficile, imprime une direction nouvelle aux rapports entre Juifs, Chrétiens et Musulmans de Jérusalem.
Cette même année, il accompagne en Israël une personnalité musulmane qui souhaite garder l'anonymat.

" Les Juifs", dialogue avec le R.P. Jean Daniélou - 1966

8 Février : Rapport au Congrès de l'Alliance mondiale des religions.

29 Septembre : Il représente à Berlin, la ville de Jérusalem et reçoit d'Axel Springer, une somme de un million de dollars pour bâtir une Bibliothèque d'Art au Musée de Jérusalem.

Nouvelle mission en Afrique. Après une escale à Madrid et à Las Palmas, il revient à Johannesburg et au Zaïre devenu, entre-temps, indépendant. Visite la Zambie, l'Angola, le Kenya, l'Ethiopie et arrive le 26 octobre  à Athènes où il est reçu par la Municipalité en compagnie du Maire de Rome.

Janvier : A Athènes, nouvelles conférences. A Paris, il prend contact avec l'Ambassadeur de Syrie, pour lui transmettre un message de paix du Gouvernement d'Israël. L'Ambassadeur Sami Joundi transmettra ce message à son gouvernement, mais sans autre effet que de se faire incarcérer.

Février : Conférences à Athènes, en Suisse, en Hollande en Belgique et à Paris.

Barbecue à 2 heures du matin en compagnie de Moshé Dayan, pendant la Fête de l'Indépendance en 1967

Juin : La guerre des six jours qu'il passe en première ligne du front à Jérusalem, sur lequel se situe sa maison et sa famille, accroît ses charges à la municipalité. C'est l'heure des grandes décisions.

En compagnie d'Annette, visite l'Allemagne avec la première délégation israélienne invitée dans ce pays. Réception officielle dans les grandes villes : Hambourg, Berlin, Bonn, Francfort, Cologne etc.
Conférences à Amsterdam puis en Suède.

Mars : Nouvelle tournée de conférences en Alsace -à Strasbourg -, en Suisse, en France et en Belgique à Bruxelles. En Italie, en compagnie du Père Daniélou, conférences, de Turin à Rome et Bari, sur leur livre traduit en italien comme en anglais et en espagnol.

Décembre : Naissance de Mikhal.

De g. à dr. : A. Chouraqui, Joseph Kessel, Teddy Kollek - 1968

Cette même année, paraît à Paris, sa Lettre à un ami arabe , aux échos aussi profonds que durables. Reçoit, en 1970, le Prix Sévigné pour cette oeuvre.

Octobre : Est réélu pour quatre ans au Conseil municipal de Jérusalem, où il reste le président de la Commission de la culture.

Novembre : Participe à un ouvrage collectif sur Jésus et publie un long article dans un volume sur les problèmes du Tiers-Monde, Note sur l'Exercice du devoir de pauvreté dans le monde actuel, ainsi qu'un article sur le Dieu de l'Absence pour la Revue Axes.

Du 4 janvier - au 13 février, nouvelle mission au Canada, aux Etats-Unis puis au Vénézuéla. Au Canada, comme au Vénézuéla, il donne dans les universités, les mairies, les Instituts, les Clubs, les Communautés juives, la presse, la radio, la télévision, 75 conférences, discours et interviews.
A son retour, fait plusieurs conférences en France, notamment à Montpellier, Marseille, Grenoble, et en Suisse, à Genève.

22-24 mai : A Dijon, participe à un congrès international où il y a une forte participation d'Arabes chrétiens du Proche-Orient. Sa conférence sera publiée dans la revue Chrétiens en marche (été 1970).

A Kfar Dura près de Hebron

Publie son livre La vie quotidienne des Hébreux au temps de la Bible (Hachette). Il fait à l'occasion de la sortie de ce livre, des conférences à Paris, Lille, Lyon, Marseille, Toulon, Bordeaux. Au total, 26 conférences et 18 interviews à la radio et à la télévision.

Juin : Les relations entre Israël et le Vatican sont tendues. Le Pape a écrit une lettre inquiète au Président de l'Etat d'Israël, avant Pâques, lettre demeurée sans réponse pendant plusieurs mois. A le privilège d'annoncer au Secrétaire d'Etat qu'Israël renonce aux droits qu'il s'était acquis sur Notre Dame de France, restituée au Vatican. Le lieu prendra, avec son statut le nom de Notre Dame de Jérusalem. Dans ce contexte, les 3 et 4 juin, à Rome, André Chouraqui a des audiences avec le Secrétaire d'Etat Mgr. Villot, son substitut, Mgr. Benelli, Mgr. Gaspari, Mgr. Maximilien de Furstemberg et le président Véronèse. Ses entretiens avec Mrg. Benelli sont décisifs pour faciliter la solution de la crise.

25-30 août : Participe à Charmes (Ardèche) à un congrès protestant où il parle d'Israël et de la Bible.

Octobre :  André Chouraqui publie chez Fayard sa Lettre à un ami chrétien.

Décembre : Participation au débat télévisé des Dossiers de l'écran où sont confrontés Juifs et Arabes (dans des pièces séparées), l'un des premiers de ce genre. D'après l'ORTF, 25 millions de téléspectateurs ont suivi cette confrontation, en Europe et en Afrique du Nord où l'émission a été également diffusée.

5 février : Cérémonie de Bar et Bath Mitsvah (majorité religieuse) d'Emmanuel et d'Elisabeth.

Fin février : Conférences à Milan, en France, sur son livre Vivre pour Jérusalem qui a paru le 2 février.

Mai - juin : Conférences à Lyon, Bordeaux, Toulouse, Clermont-Ferrand.

26 août - 1er septembre : Représente Jérusalem avec Teddy Kollek, au Colloque international de Rome, Pour une charte spirituelle de Jérusalem.

Novembre : Assiste au Congrès sioniste de Lima. Voyage au Pérou, au Vénézuéla et aux Etats-Unis, (à Los Angeles, San Francisco, Seattle et New-York).
A son retour, est invité à Douai par le Maire et les mouvements d'amitiés judéo-chrétiennes où il donne une conférencem puis à Strasbourg, à la Fédération des Etudiants Catholiques.

Sa traduction du livre de Bahya ibn Paquda, Les Devoirs des Coeurs, est rééditée avec une nouvelle préface.
Il travaille avec assiduité, souvent dans sa retraite à l'Abbaye cistercienne de Latroun, à la traduction de la Bible.

Octobre : Cérémonie de Bath Mitsvah (majorité religieuse) de Yaël.